Поиски Сплинтера приводят юных мутантов в здание с аббревиатурой T.C.R.I., которая некогда значилась на канистре с таинственной жидкостью, сделавшей их теми, кто они есть. Подвергшись нападению загадочных и похожих на мозги существ, Черепашки активируют таинственное устройство, которое переносит их в далекий космос, на планету Д'Хуниб. Здесь они знакомятся с профессором Ханекаттом - выдающимся ученым, заключенным в тело робота и объявленным беглецом - фуджитоидом. Обладая знаниями о создании телепортирующего устройства Трансмата, способного стать грозным оружием, Ханекатт становится лакомым куском для враждующих между собой рас людей федератов и динозавроподобных Трицератонов.
Став на защиту Ханекатта, единственного их билета домой, Черепашки оказываются на корабле Трицератонов, в вакууме и невесомости...